延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太
2013年的一天，瑞安（克里斯·J·穆雷 Chris J. Murray 饰）带着妻子艾米丽（布兰妮·肖 Brittany Shaw 饰）和年仅八岁但乖巧可爱的女儿莱拉（艾薇·乔治 Ivy George 饰）搬入了一栋大房子。适逢圣诞节将至，一节人喜气洋洋，快乐非凡。瑞安不知从哪还翻出一台老式的摄像机，他希望记录下家人每一个喜悦的瞬间，谁知从开机的第一天起便发现种种异常在房子内出现。夜幕降临，女儿逐渐表现出诡异的举止。与此同时，瑞安和哥哥迈克（丹·吉尔 Dan Gill 饰）还翻出了几卷这栋房子20年前的
Neolution组织正在将科学的界限推往遥远未知的边界，但其代价会是什么呢？神秘人P T Westmorland是这一切的关键，可能已经170 岁的他即将将他的项目带入险恶的结局。对于Sarah和她的姐妹们来说，这是一场毁灭的开始，并且不仅仅是对她们，而是针对整个人类的未来。她们最终能否揭开这个毒瘤的核心秘密？
