游城十代在前往决斗学院实技测验的途中偶遇了传说中的决斗者武藤游戏并从他手中获得一张幸运卡天使小精灵与此同时一个名为七星的神秘团体出现了它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者与七星展开了黑暗决斗后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一十代打败大德寺老师彻底挫败了七星的阴谋并得到贤者之石的卡片三幻魔事件结束后原来的伙伴们相继离开决斗学院一众新生入学游城十代受到光之波动的影响无法进行卡牌决斗之后游城十代遇到了来自新空间的使者找回了对决斗的热忱与兴致不久后前往童实野町毕业旅行的十代一行人被强迫接受斋王美寿知的考验并得知了光之波动的真相回到决斗学院后鲛岛校长宣布新世代大赛开幕这场原本只是让学生和职业决斗者交流进而提升决斗能力的活动却意外成了关系到地球存亡的事件在最后的对决中十代向斋王挑战成功打败被破灭之光操控的斋王拯救了世界