由幽灵杜鲁布所带领的海盗集团在海中取得有苍海的王子之称的玛纳霏的蛋企图用以不法之事但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克渥卡所夺走之后小智等人在旅途中因缺乏水源而与一群为水之民后代的马戏团家族结识当晚小遥梦见一座神殿后经广美的解说众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋而那神殿正是它的故乡名为亚克夏随后幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回在混乱之中玛纳霏在小遥手中孵化了大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物海之王冠极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置便在后跟踪一场惊险的行动就此展开