在正在旅行的小智一行人面前，突然出现了一个笼罩着白烟的庞然大物从天而降落在他们的面前，落下的震荡和冲击导致四周一片混沌。在白烟和尘土中出现的是一个巨大的身影——正是梦幻之神奇宝贝ボルケニオン。 在远离人烟的浓雾高原上，和被人类伤害过的神奇宝贝们共同生活的ボルケニオン，实际上非常讨厌人类。无视小智一行人匆忙离去的ボルケニオン，立即准备离开，但从天而降的冲击使奇妙的装置把它和小智粘在一起，两位无法分开。束手无策的ボルケニオン只好拖著小智继续跑去。 在另一个地方，巨大的齿轮在四面八方持续转动着。超级机械都市水银王国的大臣贾维斯获得了长年索求的究极发明。这就是500年前在王国诞生却早已失踪的由人制造的神奇宝贝—マギアナ，和在マギアナ身体内潜藏的名为“灵魂之心”的未知力量。贾维斯想要利用这个力量支配王国，ボルケニオン想要把在浓雾高原被带走的マギアナ抢回来，叫道：“果然人类罪不可恕！” 最终时刻，紧紧相连的ボルケニオン和小智，究竟是否能够合力救出マギアナ吗？紧接着，潜藏在“灵魂之心”中的真正力量是什么？就是现在，神奇宝贝史上最炽热的战斗即将开始！
